在京城朝议结束的时候，山东的叛乱也被平息了大半。朱由校是打算让京营去见血的，但是戚金与徐光启认为经营仍然是训练不足，不堪大用；朝臣们又都表示京营承担拱卫京师之重任，不可妄动；而且从山东的战报中看，目前形式很好，并不需要大规模增兵。于是朱由校便也没再坚持，专业的事情还是让专业的人去决断吧。
大明，山东承宣布政使司境内
起义军已经被官兵打的损失惨重，于是徐鸿儒决定放弃攻城计划，一方面佯攻曲阜，主力却抄袭官军营。事实证明，这个决定是正确。因为军营受扰，军中立刻出现了骚乱，甚至险些引起营，明军啸杨国盛部被击溃；大明游击将军张榜殉国。起义军收获了大批粮草和武器，并且打算依托城池进行固守。
在杨肇基的指挥下，明军放弃了“长驱直入，分进合击”的战术，开始“稳扎稳打，步步为营”﹐利用明军的训练、后勤与武器装备明显优于起义军的优点，进行阵地战消耗战。最后围困徐鸿儒军于滕县。八月九日﹐徐鸿儒粮尽援绝﹐突围不成而被俘，目前已经被压送京师。
起义军主力被打败后，余于残党大多作鸟兽散，成了山贼，土匪盘踞深山老林之中；剩下那些赋予顽抗的，自然也被捻为跻粉。
这这样，历时100余天徐鸿儒起义结束了。战乱的范围遍及半个山东省，山东现在流民遍地，十分萧条。于是在朝廷给粮给地的承诺下，大批留离失所者选择了移民辽东。
山东正在逐步的恢复着，甚至要变得比以前更好，因为海运的影响，大批商品涌入，经济社会反而开始变得更加繁荣。
辽东的人口变得更加充实，一座座屯田军堡拔地而起。
百姓们并不知道，山东的造反是朱由校有意放纵的结果，让更多的人成为移民才是朝廷的计划。他们只是知道，他们变成流民是因为战乱，战乱是因为有人造反，让他们活下去的是朝廷。
总之，一切都在向好发展：山东恢复了太平，辽东充实了人口；东南沿海以及大明其他的沿海各省，因为朝廷重开海运、厂造大船的政策，使得本来就十分繁荣的海贸（绝大部分都是走私）更上一层楼。