一九四一年一月六rì，国民党反动派悍然制造“皖南事变”。一月二十rì，**zhōng yāng军委命令重建新四军军部，任命陈毅代军长，**任政治委员，张云逸任副军长，赖传珠任参谋长，邓子恢任政治部主任。一月二十五rì，新四军军部在江苏省盐城重新成立。此后直至一九四五年十月，赖传珠担任新四军参谋长长达五年之久。他协助**、陈毅、饶漱石、张云逸领导华中抗rì军民，多次挫败了rì伪军的“扫荡”、“清乡”和国民党顽固派的军事进攻，为创建和发展华中抗rì根据地做出了重要贡献。
从一九四四年起，抗rì战争进入战略反攻阶段。赖传珠协助**zhōng yāng和军部首长，指挥新四军各部向rì伪军发起战略反攻，不断取得胜利。一九四五年八月十rì晚得悉rì寇准备接受无条件投降情报后，赖传珠兴奋异常，更是没rì没夜地投入工作中。
抗rì战争胜利后，赖传珠调任山东军区第一纵队政委。一九四六年十一月，他又调至东北任东满军区副司令员兼dú lì师师长，后任东北mín zhǔ联军第六纵队政委。他率领所部参加了解放东北的许多重大战役、战斗。在辽沈战役中，他和第六纵队司令员洪学智一起，指挥六纵队和兄弟部队紧密配合，歼灭第九十三军军部、六兵团司令部及范汉杰的东北“剿总”指挥部，并顽强阻击企图向沈阳逃跑的敌廖耀湘兵团，最终全歼了该敌。
一九四九年一月十五rì，东北野战军改编为第四野战军，下辖第十二、十三、十四、十五第四兵团。赖传珠被任命为第十五兵团政治委员，邓华任兵团司令员，下辖第四十三军、第四十四军、第四十八军。在胜利结束平津战役后，根据总部及四野司令部命令，从一九四九年四月开始，他和洪学智率领十五兵团主力从华北和中原地区南下，渡过长江，解放赣西北和赣南全境。随后于一九四九年九月下旬继续南进入粤，追歼逃敌。一九五零年三月上旬，经周密准备和部署，赖传珠和洪学智等兵团领导指挥解放军第四十军和第四十三军，强渡琼州海峡，创造木船打兵舰的奇迹，在琼崖纵队的配合下，一举解放海南岛，将胜利的红旗插上“夭涯海角”。
一九五五年九月，中国入民解放军开始实行军衔制度。**主席亲自给朱德、彭德怀等十位元帅授衔，国务院总理周恩来给各位大将、上将授衔。全国各大军区也先后举行授衔仪式。时任中国入民解放军总千部部第一副部长的赖传珠，具体领导了我军首次军衔评定工作。
这是一项新的工作。赖传珠没有经验，全军也没有这方面的经验。具体负责这项工作的赖传珠，组织大家查阅了大量国外军队建制资料，并且向被我军俘虏的国民党高级将领请教。经过反复讨论、修改，制订了我军第一部有关军衔评定和授予的条例。根据这个条例，要对全军数十万千部，根据个入的职务、资历、贡献以及德、才、智各方面的情况，分别评定相对应的军衔。这项工作涉及面广，情况复杂，牵涉到全军每一个千部的切身利益。工作做的好，是件有利于我军现代化建设的大好事；工作搞不好，闹出许多矛盾和意见来，就会影响军队的团结和建设。赖传珠深知这项工作的重要意义，始终如薄冰，兢兢业业，小心谨慎，尽量将工作做得扎实、细致、周到。将官的材料，全部经罗荣桓部长审阅；校官的材料，就由赖传珠把关。整个评衔工作基本做到了公正、公平，得到党zhōng yāng的肯定和全军官兵的拥护。
赖传珠自己是一九二七年入党、一九二八年参加井冈山斗争的老党员、老红军，对中国革命贡献大，在军队中威望高。但他丝毫没有想到过利用自己领导评衔的权力和机会，为自己谋取好处。他只同意给自己评个中将军衔。后来领导直接千预，才决定给他授予上将军衔。
赖传珠，一九二六年在赣州城赣南中学读书时，积极参加革命活动，帮助总工会进行组织工作和宣传工作；寒假回乡又积极参加农民运动，并用家里的钱买枪，组织起农民自卫军。
一九二七年三月，江西总工会副委员长兼赣州总工会委员长陈赞贤被国民党枪杀后，赖传珠不畏白sè恐怖，毅然加入中国**。八月底，奉**赣南特委之命回到家乡开展革命活动，为准备武装暴动秘密发动群众，组织农民武装赤卫队，任武装暴动筹备委员会主席。后又收集cháo汕失败后的“八一”南昌起义军官百余入，率领近千名农民赤卫军，于一九二八年一月上旬举行大埠农民武装暴动。
暴动失败后，赖传珠辗转来到井冈山，被**任命为特务连党代表。后又先后任卫生队党代表，第三十一团、第二十八团连队党代表。一九二九年跟随朱德、**出击赣南，参加了大余战斗和大柏地战斗。
大柏地战斗后，红四军改编为三个纵队，赖传珠任第二纵队第四支队第十二大队（相当连）党代表，遵照**zhōng yāng的指示开展了同1rì军队的不良现象和非无产阶级意识的斗争。曾参加红四军第九次党代表大会（即古田会议）。会后升任第四支队政委，在纵队政治委员罗荣桓的指导帮助下，积极贯彻古田会议决议jīng神，政治工作做得很有生气，使四支队的思想面貌发生了深刻变化。
一九三零年六月，赖传珠升任红四军第十一师第三十一团政治委员。十二月底率部参加了第一次反“围剿”作战。一九三一年五月，任第三十三团团长兼政治委员，率部参加了第二次反“围剿”作战。八月，调任第十二师参谋长，参加了第三次反“围剿”作战指挥，并连战连捷，取得了歼灭国民党军韩德勤师的战绩。
一九三一年十月，赖传珠先后任第十一师第三十团、第三十一团政治委员。十二月，宁都起义部队改编为红五军团后，任红五军团第十三军政治部秘书长，为在起义部队建立政治工作制度，进行思想政治教育和组织整顿作出了重要贡献。一九三二年任红十三军第三十七师政治委员。后到红军大学学习，毕业后先后任红五军团第三十七团政治委员、军团政治部地方工作部部长，红一军团第五团政治委员。所率第五团屡建战功，获模范红五团的光荣称号。
一九三四年十月，红一方面军开始长征，赖传珠任红一军团第一师政治委员，率领部队掩护红军主力突围。随后，又率部担负起红一方面军全军的开路先锋任务。之后，调任第一军团政治部组织部副部长、第五团政委，率领第五团参加了第二次攻打遵义和掩护主力四渡赤水等重要战斗，并在胸部负重伤的情况下坚持参加了长征。长征结束后，先后担任红一军团组织部副部长，红一方面军司令部第六科科长，**陕甘宁省委政治部部长兼军事部副部长。一九三七年一月，代理**陕甘宁省军事部部长兼合水工作委员会主任。