一九四零年四月四rì，宋哲元病故。一九四二年三月三rì任熊式辉、四月二十五rì任卫立煌、六月十七rì任万福麟为委员。一九四一年十二月太平洋战争爆发，为加强与世界反德、rì法西斯国家的军事联系与合作，又在军事委员会内成立国防外事局。一九四三年chūn，军委会所属军统局与美国海军情报署合作。成立了中美特种技术合作所，该所利用现代特务武器，屠杀迫害革命群众与mín zhǔ人士，罪行累累，遭到中美两国正义人士的谴责。一九四四年增设兵役部。抗rì战争中，军事委员会委员长一直由蒋介石担任，委员除上述任命者外，还有依据组织大纲所规定的当然委员：参谋总长、军政部长何应钦，副参谋总长、军训部长白崇禧，军令部部长徐永昌，政治部长陈诚（张治中后），军事参议院院长陈调元等。军事委员会在抗rì战争时期所指挥的战略单位除备战区、备江防司令部、备防空司令部、备卫成司令部外，另外还在天水、桂林、汉中、昆明等地设立了委员长行营，在西安、桂林设立了办公厅，在成都、西昌、赣州设立了行辕。为了“限共、溶共和**”，除了保留了抗战前设立的太原、广西、滇黔等绥靖公署等，还设立了川陕鄂、晋陕绥等绥靖主任公署。
抗rì战争胜利后，国民zhèng fǔ改革军制，一九四五年八月，中rì战争结束，军委会领导的中华民国获得最后胜利。一九四五年九月二十五rì，兵役部缩编为署并归隶军政部；十月二rì，委员长侍从室和军法执行总监部奉命结束；除了陆续关闭位于天水、桂林、汉中、昆明等地的委员长行营，也将防备**军队功能的太原、广西、滇黔、川陕鄂、晋陕绥等绥靖公署移交国民zhèng fǔ军政部。一九四六年五月三十一rì，国民zhèng fǔ于宣布中国即将实施宪政后，终于裁撤了自一九二五年成立，期间长达二十二年之久的军事委员会，并将其所有职能改归国民zhèng fǔ国防部。
当时蒋介石正在召开这个会议呢，贺耀祖就急急忙忙的跑了进来说，手里面拿着一份文件，就从这个表情上来看，大家也知道出事情了。
“耀祖，什么事情这么着急啊，这么急急忙忙的跑过来的，”蒋介石看见贺耀祖进来之后，首先对着贺耀祖问到。
“总裁，出事情了，刚才延安方面的新华社发表了一篇文章，是说，现在在张心包围下的剩下的新一军的几个师长和张心联名发表的，意思是，现在他们投靠延安方面了。”贺耀祖对着蒋介石说到。
“什么，他们也反了。”蒋介石听了贺耀祖的话之后，也给吓了一跳，直接的站出来对着贺耀祖说到、蒋介石说完这番话的时候，一下子就摊在了自己的椅子上面，一幅不知所措的样子。
“委员长，现在这个事情到底怎么办呢。”贺耀祖这个时候对着蒋介石问到。”东北大势休矣，”蒋介石这个时候没有正面回答贺耀祖的问题，而是说出来了这么一番话。
就在蒋介石说完上面的话之后，蒋介石就好像是仿佛瞬间的苍老了很多的岁数一样，因为蒋介石这个也清楚，东北现在对他们国民党来说，那有多么的重要，所以，蒋介石一商希望说，能够好好的保存下来东北这个地方，让自己好好的经营，但是，现在这个时候，张心一下子就把自己放在东北的第一主力仅仅的一天时间，就被消灭了，那么，剩下的部队应该怎么办，不管是谁，其实大家就都不好拿捏了，毕竟，一个军一个军的被消灭，就是搁在谁那里，谁也受不了啊，所以，蒋介石这个时候才说出来上面的话。
“总裁，我的意思是，不能让张心这么嚣张，我们应该马上的调集我们的部队对张心进行反击啊，”何应钦看见蒋介石这个样子以后，知道，这个会场不能够在这么的沉默下去了，需要有人站出来说话了，所以，何应钦就首先向蒋介石出了一个主意、“反击，怎么反击，敬之，你说一下你的建议吧。”蒋介石这个时候见终于有人站出来说话了，赶紧的向何应钦问到。
“其实，这个事情怎么说呢，现在张心虽然已经把剩下的新一军给拿下来了，但是，这个时候毕竟是新一军刚刚给张心收编，所以，我觉得，我们现在可以趁着张心立足未稳，去打张心一个措手不及的，”何应钦这个时候对着蒋介石说到。
“立足未稳，敬之，你的这个建议，我有点不太同意，要知道，现在张心的部队把新一军给拿下来之后，可以说那是士气大增啊，同时，现在在围攻着新一军的部队，马上的就会被张心给腾出手来，这样，张心手里面就由着非常充足的兵力来应对我们对他的进攻了。同时，新一军刚刚过去，如果要是潘裕昆他们这些人希望能够在延安那边能够早一点立足的话，那么，这～仗，就是他们最好的表现时候了。”白崇禧听了何应钦的话之后，还没有等蒋介石说什么呢，就首先的站出来反对何应钦的建议了。