朱瑄的军、朱瑾的泰宁军长战争，导致两镇人口失，粮食匮乏，实力大减，已无力对抗朱温。
李克用也不希望朱瑄、朱瑾朱温消灭，为了打救援郓州的，月，他又派李存信率军攻打临清县，在宗城县北部打败汴军将领葛从周，乘胜进军达魏州城的北门。
十月，李克用又亲自带领军队攻打魏州的罗弘信，在白龙潭打败魏州军队，一追赶到魏州城的观音门。
朱温不能失魏州这个盟友，急忙又调葛从周往洹水县救援，朱温自率大军也继赶到，李克用没有握胜，就撤军返晋阳。
十一月，朱温也率军返汴州，又派葛从周会庞师古，准备再攻打郓州城。
897年月，汴军的葛从周、庞师古兵攻打郓州，朱瑄在城周围挖一条护城河阻挡进攻。
庞师古在济水旁扎寨，用树木搭浮桥，在夜晚率领中军渡过济水攻城。时的朱瑄大势已，担心守不住就弃城逃走，在葛从周的追赶下，他逃到中县（今汶上县），藏在农家，农民朱瑄和他的妻子交给了葛从周。
当郓州攻破时，朱瑾与河东派来的将官史俨、李承嗣一在丰县、沛县一带收集军粮，留下大将康怀英守兖州城。
朱温得兖州城兵力空虚后，立即派葛从周率军袭击兖州。守城的康怀英听说郓州城失守，难以对付朱温的大军，就献出兖州城投降。二月初三，葛从周进入兖州城，抓获朱瑾的妻子和儿子。
朱温得胜后，率军返汴州，朱瑄杀死在汴桥下面，还准备朱瑾的妻子纳为妾，在妻子张氏的劝导下，朱温终允许朱瑄的妻子出家为尼姑。
这时，李克用的养子李存信还领一支军驻扎在魏州，得兖州、郓州朱温攻占，他就带领人马返晋阳。
朱温对有功的大将进行封赏，朝廷奏请葛从周为兖州泰宁军留后、朱友裕为郓州军留后、庞师古为徐州武宁军留后。
至，朱温消灭了秦宗权、时溥、朱瑄、朱瑾，得到了郓、齐、曹、棣、兖、沂、密、徐、宿、陈、许、郑、滑、濮等十州。有驻守青州的王师范还未攻占，朱温在中的霸主地确立。
5、而朱瑾得兖州献城投降后，与史俨、李承嗣等带领军士到达辖的沂州（临沂市），沂州刺史尹处宾不敢开城门，朱瑾等人继续退守海州（连云港市）。
在汴州军的进逼下，朱瑾带着海州百姓渡过淮河投奔淮节度杨行密。杨行密大喜过望，亲自往高邮县迎朱瑾、李承嗣、史俨。
当时，河东的李克用得后，派遣走小见杨行密，请他允许李承嗣、史俨返晋阳。杨行密口头答应他们，与李克用修，共同对抗朱温。
6、朱温占领了郓州、兖州后，当年（897年）的月，又开始大举征淮地区。
朱温派大将庞师古率领徐、宿、宋、滑州的军队，抵清河口（淮阴），葛从周率领兖、郓、曹、濮州的军队进军安丰县（寿县）。
淮节度杨行密与朱瑾、李承嗣率三万军队进抵楚州（淮安市），也清河口推进，另一将官张训从涟水县带领人马来会。
朱瑾查地后，堵塞淮河上游的水，而庞师古的军队在清河口扎营。这里地势较低，有人议在高处立营，庞师古时服从朱温，对下属的见不听从。
十一月初二，淮的将官张训决堤水，已储蓄多日的淮河水庞师古的营寨汹涌而来，杨行密、朱瑾又分率军渡过淮河夹击。庞师古的北方军队在水中不能作战，一万多人杀，骄傲的庞师古也死于乱军之中。
葛从周在安丰县也遭到寿州团练朱延寿的进攻，迫退到濠州固守，他听说庞师古战死后，就率军撤。
杨行密、朱瑾、朱延寿乘胜追击葛从周，一追到淠水，在渡淠水的汴州军又遭到攻击，损失惨。当时恰逢下大雪，汴州军士又冻又饿几乎损失殆尽。
朱温得方人马大败，也撤军返。后，朱瑾经北上进犯徐州、宿州。
杨行密在清河口之战获胜后，奏请李承嗣为检校太尉，遥领镇海军节度，不再他返河东，史俨也留在淮。杨行密对李承嗣、史俨非优厚，二人也安心留在淮为杨行密效力。朱瑾、李承嗣担了当于淮节度副的高级职。