得到重兵，还拿到尚方宝剑的袁崇焕害怕自己带兵去往边关驻守以后，朝廷中难免有人会再次诽谤自己。
于是将前面曾经有人乱讲自己的一些事，告诉皇帝朱由检，朱由检在大学士刘鸿训等人的建议下，收回王之臣、满桂的尚方宝剑，将其赐给袁崇焕。
这时带着皇帝朱由检的信任，事实手里掌控强势兵马大权的袁崇焕，可谓是深受皇恩，志得意满，大权在握的事实。
鉴于此前熊廷弼、孙承宗都因为受到排挤陷害，使自己的意愿难以舒展，袁崇焕于是又上书说:“恢复辽地的计策，不外乎臣往年所提出的以辽人守辽土，以辽土养辽人，防守是正规的策略，攻战是变通的策略，和议是辅助策略的说法。
执法在循序渐进而不在突变猛进，在追求实效而不在贪图虚名。这是臣与诸边防官员所能做到的。至於选择用人的人，与被人用的人，都是皇上掌握其中的关键。
怎么才能用人而不三心二意，相信而不怀疑?因为驾驭边防大臣与朝廷大臣不同，军中可惊可疑的事特别多，只应当谈论成败的大局，不必摘取一言一行的细小过失。
事情的责任既然重大，招致怨恨实在多。各种有利於边疆的事情，都是不利於自身的。况且谋取敌人急，敌人亦从而离间，因此作边疆的大臣很难。
陛下爱护臣，了解臣，臣何必过於疑虑惧怕，但心中有所危惧，不敢不告诉。”
朱由检于是发优诏，答覆袁崇焕，并赏赐蟒袍玉带、银币，但袁崇焕上疏，推不接受辞蟒袍玉带。
崇祯二年169年，驻守宁远的来自于川、湖等地的士兵因为军饷的事而哗变，袁崇焕用计将其平定。
而后袁崇焕请求将宁远、锦州合为一镇，让祖大寿镇守锦州，何可刚替代朱梅驻宁远，赵率教守关门，袁崇焕自驻宁远，同时上书给朱由检极力称赞祖大寿等三人的才能，并说自己五年复辽的计划全靠这三人来实现，如果五年后没有实现，他将亲手将这三人斩杀，自己到司法部门领罪服死。
当时的朱由检加封袁崇焕为太子太保，并赐给蟒衣银币。
崇祯二年169年，袁崇焕以东江毛文龙虽然能牵制后金军，但毛文龙耗费的钱粮实在太大，袁崇焕上书请求让朝廷派人来管理毛文龙部的军饷。
其实对军队粮饷的管理很重要，可是毛文龙不喜欢有文官监制着自己，于是上书争辩。
而后毛文龙前来拜谒袁崇焕，袁崇焕以上宾之礼接待毛文龙，毛文龙在各种礼节上也不谦让，袁崇焕知道此人事实已经有问题，于是决定杀掉毛文龙。
同年五月，袁崇焕以阅兵为由去见毛文龙，毛文龙设宴与袁崇焕喝酒，俩人常常喝到半夜，毛文龙没有觉察到袁崇焕的来意。
袁崇焕提议更改军营制度，设置监察官员，毛文龙对此建议感到不高兴，袁崇焕用回乡来打动他，毛文龙当时说:“我向来有这个意思，但只有我知晓辽东的事务，辽东的事情解决后，朝鲜衰弱，可以袭击占有。”
这是抛弃友邦的信任，攻占它国的不义之举，自然袁崇焕对毛文龙其人的回答感到不高兴。
而后袁崇焕邀请毛文龙观看将士射箭，预先在山上设置好帐篷，令参将谢尚政等率兵埋伏在帐外。
毛文龙到了之后，他的部下当时没能入内。
袁崇焕说:“我早晨就走，你担当海外的重托，请受我一拜。”
毛文龙回拜之后，俩人开始登山。
路上袁崇焕问随从官员的姓名，大多都是姓毛的。
毛文龙说:“这些都是我的孙子。”
袁崇焕笑着说:“你们在海外长久劳累，每月禄米只有一斛，说来痛心，也受我一拜，请为国家尽力。”众人都叩头道谢。
袁崇焕接着说出几件毛文龙违法的事，毛文龙听到后还与其争辩，袁崇焕于是厉声斥责毛文龙，下令将毛文龙的冠服去除，并捆绑起来，毛文龙当时表示不服，袁崇焕于是列数毛文龙的十二条罪状，拿出尚方宝剑，当场就将毛文龙斩杀。