杀死王鹤翔后，雷晓波和郭天向全国宣布共和国自即日起由部队接管，成立军政府，雷晓波任上将总司令，郭天为上将总参谋长，将部队改为中央军，所有政要一律换为军人。并为董卓平反，举行隆重的葬礼，董卓余党李蒙、王方也晋升少将。自此，中华共和国进入军政府时期。
不久，驻守新疆的14师少将师长马腾天表示不承认军政府，起兵进攻西安，准备推翻军政府。雷晓波、郭天召开军事会议，觉得14师进攻西安是以卵击石，于是就派李蒙、王方的两个旅去阻击敌军。
李蒙、王方的部队和14师交火，14师官兵们个个彪悍，李蒙和王方又太过轻敌，结果二人的指挥部也被毕业于美国西点军校的马腾天独子，时年16岁的侦察连中尉连长马祺率部端掉，李蒙和王方都死在乱枪之下，两个旅的部队也被全歼。
雷晓波、郭天得知两个旅全军覆没，大惊，当即死守西安，坚守不出。14师将西安团团围住，然而战线太长，14师的补给跟不上，马腾天和其表弟，上校参谋长韩宇飞商议，准备退兵。雷晓波、郭天得知14师退兵，下令开城追击，14师猝不及防，死伤惨重。韩宇飞负伤，被中央第二军擒住，第二军中将军长樊昌和韩宇飞是成都讲武堂的同学，樊昌顾念旧情，下令将韩宇飞释放。最终，14师摆脱追击，撤回新疆。
雷晓波侄子雷风，在第二军任中校团长，将樊昌放走韩宇飞一事告诉雷晓波，雷晓波大怒道：“樊昌竟敢私自放走敌军参谋长，好大的胆子！他今天可以放了敌人，明天就可以背叛我，留着肯定是个祸害。来人，去把樊昌给我抓起来！”
“司令且慢，樊昌手里有三千人，他肯定不会坐以待毙，冲突一起，搞不好会演变成流血事件。现在局势刚刚稳定，不宜再动干戈。”作战参谋贾文和说。
“那你说怎么办，难道等着他樊昌夺权造反？”
“您还记得当年汉高祖刘邦是怎么杀韩信的吗？虽说今时不同往日，但是我们一样可以照葫芦画瓢，除掉樊昌。”
“你说说，怎么杀？”
“首先……再……这样他必死无疑。”
雷晓波大喜，当即任命樊昌为共和副总参谋长，让他来司令部接受任命。樊昌得知大喜，径直来到司令部。雷晓波在里面等着。
“多谢司令厚爱，卑职定当尽忠职守，不负您的期望！”樊昌敬礼道，“哎，司令，怎么不见委任状？”
“你私自放走14师参谋长韩宇飞，好一个尽忠职守，不负期望啊！”