不过，在行动开始之前，艾琳却要先解决一个疑惑。
她对科学家产生了怀疑。
她向科学家询问，他和AI对这次事件有什么建议，但科学家的回答却是没有建议，AI还在评估。
这让艾琳更加加重了心中的怀疑。
她用船长的身份卡打开了门禁，来到了主机室, 那里存放着船体AI的处理器。
来到处理器前，她向AI提出了几个问题，随后发现，飞船之所以会突然改变航向，就是因为科学家接到了特别指令937。
指令内容要求诺斯都罗莫号变更航道，调查外星生物, 采集标本。
并且指令中第一优先级的内容是安全带回标本以供分析, 其他均为次要, 必要时甚至可以放弃船员。
看到这个内容后，艾琳终于确定了科学家的嫌疑。
从一开始就是科学家把飞船带到特奇拉星球附近的，也是他把异形放上船的。
可以说船上死去的船员们，都是被他害死的！
就在此时，科学家现身了，他想要解释情况，但却被愤怒的艾琳一拳打倒在地。
艾琳气愤转身离开，但却发现出去的舱门被关闭了。
她意识到是科学家的操作，而在此时，科学家也不再掩饰，直接对她发起了攻击。
就在艾琳即将被科学家杀死时，副工程师出现了，他用灭火器直接砸断了科学家的脖子。
但脖子被砸断后，科学家的伤口处却并没有流血，反而流出了大量乳白色的液体。
这个时候, 副工程师才发现，原来科学家是个生化机器人。
修复了科学家的残骸线路后，艾琳从科学家的口中问出了异形的秘密。
异形是一种完美的有机体, 构造和攻击能力都很强，公司想要的只有它，其他的一切都无所谓。
最终，艾琳和仅存的副工程师以及领航员达成了一致的意向。
他们决定搭乘太空梭离开飞船，并且将飞船炸毁。
但为了拯救汤圆，领航员和副工程师相继被异形杀死，飞船中只剩下了艾琳一人。
最终，艾琳启动了飞船自毁装置，并且救出了汤圆，带着它一起来到了太空梭中，离开了诺斯都罗莫号，逃出了生天。
但就在所有观众以为电影就此结束的时候，意外却出现了。
艾琳打算进入太空梭内进行休眠，但却在船舱中发现了躲藏在黑暗中的异形。
原来它早就潜入了太空梭！
突如其来的危机让观众也跟着艾琳一起猛吃了一惊。
但好在异形像是在沉睡中进化，并没有发现艾琳的出现。
于是，艾琳屏住呼吸，开始小心翼翼的穿着宇航服。
镜头在她和异形之间切换，看着进化中的异形抽动的身躯，和狰狞的口器，观众们也不由得屏起了呼吸，心中暗暗催促艾琳穿快一点。
终于，艾琳穿好了宇航服，来到了操作台前，打开了舱门。
一番操作之下，她将异形赶出了太空梭。
但来到太空中的异形依然有着行动能力，它甚至想从推进器的孔中重新爬进太空梭中！
最终，艾琳打开了推进器，汹涌的粒子流火焰将异形吞没，推进了无垠的深空之中。
确定异形无法再返回太空梭后，观众们终于放下了心来。
而艾琳也重新躺进了休眠仓里，等待着可能来到的救援。