七月初十，郑芝龙及其家人全部抵达南京。
郑锦宏将郑芝龙留在福建十多天的时间，主要还是稳定郑芝龙麾下的水师，编遣水师可不是嘴上说说那么简单的事情，其中的很多细节都需要注意的。
徐望华和郑凯华抵达了福建的福州，带来了两百余人，准备到各级官府去上任的时候，郑锦宏才松了一口气，他将编遣水师的情况详细给徐望华做了说明，在徐望华的建议之下，郑锦宏没有马上离开福建，而是等到水师基本稳定下来之后才离开。
郑芝龙麾下三百余名水师的军官，全部都送到南京的讲武堂培训三个月到半年的时间，同时也要接受郑家军残酷的训练，合格的军官才有可能进入到郑家军序列，成为郑家军水师的军官。
这是郑勋睿和徐望华的决定，郑芝龙麾下的水师军官，以海盗出身的居多，这些人悍不畏``小说`.``死，但纪律性方面是有着不小差距的，但军纪军规是郑家军的灵魂，不合格的人绝不能够进入郑家军，哪怕你有着天大的本事。
刘泽清率领四万郑家军的将士，与郑芝龙及其家人一同返回南京。
与此同时，郑勋睿接到了杨一鹏的来信，杨一鹏在来信之中说了，黔国公沐天波将亲赴南京，到时候他跟随沐天波一同到南京来，专门来拜见湘王殿下。
杨一鹏的来信，让周延儒等人叹为观止，仅仅半年多一些的时间，郑勋睿就基本平定了南方，接下来就是彻底稳定南方的时间了，需要做的事情很多。广东、广西、贵州、云南等地都需要派遣新任的巡抚，且需要派遣大量的官吏，更多地方的官吏需要来到南京，进入到国子监培训，合格的官员才有可能继续出任官职，不合格的就只能够被淘汰了。
身为南京礼部尚书。杨廷枢曾经建议，是不是在南方实施科举考试，储备人才，他已经看出来了，郑勋睿需要大量的官员，毕竟诸多培训的大明基层官员，不可能全部都合格，相反能够被派出去为官的很少，不少人根本就不适应新政。热别是那些年纪大的人，认识固化，基本难以改变，这些人不可能被派出去为官，只能够让他们回家去养老。
人才决定一切，不仅仅是杨廷枢有这样的看法，就连周延儒等人，也信服了。湖广和四川等地，情况异常的复杂。可在短短一年左右的时间，就彻底稳定下来，全面铺开了新政，与南直隶和浙江等地没有多大的区别了，这都是得益于各级的官府，严格按照南京六部的要求以及巡抚衙门的要求做事情的。试想一下，要是官吏不合格，南京六部和各省的巡抚就算是神仙，也是无可奈何的。
到了现在，周延儒和杨廷枢等人终于接受和信服了郑勋睿的一项命令。那就是各级的主官，包括知府知州和知县，每年至少到南京的国子监参加十日左右的培训，这些主官参加培训的时候，需要说出在地方上为政的心得，禀报如何维持地方稳定事宜，所有这些禀报的事宜，会被详细的纪录下来，包括他们写出来的文书，然后由国子监的五经博士、助教、学正、学录等联合起来进行编撰，编撰出来的东西就是国子监现成的教材。
教材的作用是不用说的，比起四书五经来，强了太多。
郑勋睿在南京的兵部见了郑芝龙、郑芝豹和郑森等人。
郑芝龙被委任为南京兵部右侍郎，郑芝豹和郑森则是进入国子监学习，为期半年的学习结束之后，再行安排职位。
如此的安排是非常明确的，郑芝龙虽然出任兵部右侍郎，实际上也就是挂着一个职务，不会具体做什么事情，经历了如此多的事情，郑芝龙也不可能在短时间之内安心做事情，再说如何的做事情，郑芝龙也不知道，索性就在家中静养。
郑芝龙的府邸安排在南京的西直大街，府邸很大，占地近一百亩。
在南京能够有这样的府邸，算是很不错了。
郑芝龙很满足，表现出来了随遇而安的态度，在福建的十多天时间，他算是真正见识了郑家军的强悍，郑家军将士每日里都要训练，刮风下雨都要坚持，且训练的项目很是严酷，让人瞠目结舌，郑芝龙自认为麾下的军士根本做不到这一点。
郑家军严明的纪律，更是让郑芝龙叹服，这么多年过去，郑芝龙还没有见过纪律如此严明的部队，难怪郑家军异常的强悍。
败在郑家军的麾下，郑芝龙终于是心服口服了。
府邸里面的金银财宝等等，郑芝龙很自觉的拿出来了大部分，自己留下了三百万两左右的白银，作为家用，有了这些银子足够了。
交接的事宜办的很好，郑芝龙麾下三百余名军官进入到南京的讲武堂培训，郑芝龙是非常支持的，他很清楚，自己麾下的这些军官，若是不能够很好的培训，将来在郑家军之中根本无法立足。