朝廷关于设立五省总督的事情，正式提上了议事日程，在陕西和山西遭遇到打击的流寇，开始分散活动，一部分留在了山西，一部分进入陕西汉中府，一部分进入河南，一部分进入湖广，一部分进入了四川，流寇充分利用了各省巡抚之间的事权不统一的弊病，游走于各省之间，而各地的巡抚，也是将流寇赶出自己的辖区，至于说其他地方的事情，他们不会过问，也不会干涉，这就导致流寇的队伍不断的壮大，总人数已经超过二十万人，各地深受其害。
徐光启早就建议设立五省总督一职，只是皇上在人选方面有些犹豫，故而迟迟没有下定决心，不过如今的形势，逼迫朝廷必须要设立五省总督一职，协调各地的力量，共同来剿灭流寇了，要不然流寇的队伍还将继续发展壮大。
早朝之后，诸多的文武大臣纷纷举荐三边总督洪承畴出任五省总督，统领剿灭流寇的事宜，不过皇上没有同意，洪承畴熟悉陕西、宁夏、延绥一带的情况，正是因为洪承畴的努力，陕西和山西的流寇，遭遇到沉重的打击，若是调走了洪承畴，这些地方不能够稳定了，那就得不偿失了。
举荐人选这件事情，风险是非常大的，若是被举荐的人遭遇到败绩，那么举荐他的人，也会遭遇到弹劾和追究，洪承畴在山西等地剿灭流寇，取得了很不错的战绩，出任五省总督是没有任何问题的，也是很安全的，所以说满朝的文武大臣，不会举荐其他的人选，就连新上任的内阁首辅温体仁，举荐的也是洪承畴。
也就是在这个时候，病中的徐光启上书，举荐右佥都御史陈奇瑜。
皇上和徐光启早就商议过，事情到了眼前，皇上终于下定了决心，擢升陈奇瑜为兵部右侍郎、五省总督，圣旨之中，对于陈奇瑜的职责，也进行了明确，重点协调河南、湖广、山西以及四川等地剿灭流寇的事宜，至于说陕西、宁夏、延绥等地剿灭流寇的事宜，依旧（www.hao8.net）是以三边总督洪承畴为主。
陈奇瑜顺利的出任五省总督，预示着朝廷加大了对流寇的围剿力度。
皇上和朝中绝大部分的文武大臣，此时的想法也出现了根本性的改变，以前他们认为流寇是因为生活所迫，聚众造反，朝廷无力救济灾民，故而对流寇有一定的愧疚心理，认为还是以招抚为主、以剿灭为辅，不过流寇的不断发展壮大，以及杀官吏、劫掠地方的行为，让朝廷没有了同情的心理，认为流寇已经成为心腹大患，必须要彻底剿灭，还地方上安宁。
出任五省总督，陈奇瑜没有来得及接受同僚的庆贺，随即赶赴河南省的开封上任，五省总督府就设在河南的开封，这里正好处于中部的位置，便于协调指挥。
陈奇瑜首先与三边总督洪承畴取得联系，洪承畴坐镇山西的平阳府，这里紧靠着河南的开封，距离不是很远，在接到陈奇瑜的信函之后，洪承畴交代总兵曹文诏暂时协理诸多的事情之后，亲赴开封。
五省总督府。
陈奇瑜和洪承畴终于见面了，两人以前就认识，陈奇瑜也曾经在陕西一带剿灭流寇，如今两人都是以兵部右侍郎的身份，兼任五省总督和三边总督。
简单的寒暄之后，两人的话题转向了剿灭流寇的事宜。
桌上摆着硕大的地图，陈奇瑜已经在上面密密麻麻做了一些标记，对于这些标记，洪承畴是烂熟于心的，这些都是流寇活动的地方。
“洪大人，流寇老回回屯兵河南南阳等地，罗汝才屯兵湖广襄阳等地，张献忠屯兵四川夔州和林县等地，李自成屯兵陕西汉中等地，还有一部分的流寇，在山西平阳府等地盘旋，这些流寇力量分散，若是不能够集聚各方的力量，恐怕难以在短时间之内剿灭。”
“陈大人说的是，流寇大都离开了陕西和山西等地，朝着河南、湖广和四川等地流窜，若不能够事权统一，形成合力，流寇就会利用这之中的漏洞，来回盘旋，各省巡抚因为职责所限，不要越界剿灭流寇，让流寇有了喘息的机会。”
“洪大人说的是，我的想法，是调集河南、湖广以及四川的十万大军，专事剿灭流寇，不管流寇到什么地方，都要跟随剿灭，寸步不离，如此可以解决流寇四处流窜的问题，洪大人负责的山西和陕西两地，早已经采取此等的办法，让流寇在陕西和山西几近灭迹，如今剩下的事宜，就是洪大人与我之间的协调事宜了。”
“陈大人乃是五省总督，统领陕西和山西剿灭流寇事宜，若是有什么安排，尽管开口就是了。”