明朝的官员群体暂时被安排得当，大顺朝定鼎北京少了些许障碍，从另一个方面来说甚至还夯实了一些基础。不过，一个极为棘手的问题摆在了李自成的面前，那就是：崇祯皇帝朱由检、周皇后、太子朱慈烺还有一干皇子公主，都不见了。大顺军的官兵们几乎把紫禁城翻了个遍，也没见到这些人的踪迹。
李自成有些发慌，他知道，只要朱由检不死，大明王朝就会在帝国的某一个角落死而复生，重新站起来与新生的大顺王朝作对。真到那时，自己这个脱胎于农民起义、夹在明清之间的大顺朝到底能维持多久，也许只有天知道。
“找到了！找到了！”几个士兵簇拥着两个太监一路紧跑过来，对着李自成激动地说：“陛下，我们找到大明皇上了！”
李自成刚还在惆怅，猛听得部下已找到崇祯帝，耐不住内心的喜悦，激动地问：“在哪里？赶紧带过来。”
带头的兵士连忙应道：“陛下，大明皇上自杀了，烧成了一副黑炭，皇后也烧死了。”
“什么！”李自成又惊又怒，瞪着一双虎眼，问旁边的太监：“你确定那是皇上？”
见李自成这般，太监早已吓得魂不附体，扑通跪倒在地，一个劲儿地叩头，颤颤巍巍地回答说：“是的-是的-是陛下-哦，不-是前明皇上和皇后娘娘。”说着，递给了李自成一道黄绢。
李自成接过黄绢，见两行字歪歪扭扭地挤在上面：城破后，任贼歼分朕尸，勿伤百姓一人。
得到内宦的指认，李自成基本可以确定，失火的乾清宫中发现的两具烧焦的尸体就是崇祯皇帝和他的皇后周氏。按理说，朱由检死已见尸，对李自成来说毫无疑问是一件大喜事，日后他的大顺王朝将免去诸多连绵不断的麻烦。可是，不知道为什么，他的心里就是快乐不起来，还仿佛失去了什么，空落落的。
入土为安，这是中国人最起码的认知，即便他是此生最大的对手，即便他们曾经无时无刻不想致对方于死地。对待崇祯帝朱由检，李自成也是这个想法。他令人将两具烧焦的尸体抬出自己跟前，突然跪倒在尸身面前大声恸哭：“皇上呀！我是无奈起兵，实在是被逼得活不下去。我可是从来没有想过要推翻大明逼死你啊！即便到了北京，我也是想着做个西北王，替陛下东征西讨，平灭满洲。可是陛下你咋就想不通寻了短见呢！你这样让我以何颜面面对世人呀！”
众人见状，也感受到冥冥的痛楚与伤感。有的人觉着，李自成是个重情重义的汉子，有胆识，有担当，即便造反十多年甚至攻入了京都，竟然也保留着最朴实的君臣之分。但更多的人认为他是在演戏，演给谁看，演给大明朝的文臣武将们看，演给九门内外的京城百姓们看。不管他出自什么动机，他还是做到了。
好半晌，李自成才克服了悲痛，在众人的搀扶下艰难地站了起来。
“李岩，你过来。”由于悲伤过度，李自成说话的声音有些许哽咽。
见李岩过来，李自成问道：“李岩啊，你是儒士，是咱的智多星，你说，这大明皇上，我们该怎么办？”
李岩，河南开封人，崇祯年间举人，农民军攻克洛阳后投奔李自成。与那些不通文墨的将领们不同，李岩是大顺军中少有的文士，一路走来，总是能在关键的时候为李自成出好点子，为大顺军赢得民心。比如，出了名的“吃他娘喝他娘，开了城门迎闯王，闯王来了不纳粮”这首脍炙人口的民谣就是李岩亲自编写传唱的。毫无疑问，在赋税沉重的帝国北方，这首民谣的震撼力丝毫不亚于十万大军。
对于李岩，李自成有着出奇的信任，对于如何办理朱由检后事这样的大事，当然要问他的意见。